Nature: создан ИИ, рассчитывающий эффективность редактирования генома
Учёные Нью-Йоркского Университета исследуют применение транскриптомной инженерии в живых клетках, используя эффекторы CRISPR, которые направлены на РНК. Чтобы это сделать, им необходимо точно предсказывать активность цели и предотвращать нецелевые эффекты. Для этого учёные разработали и протестировали около 200 000 вариантов нацеленного на РНК и управляемый РНК фермент Rfx.Cas13d. Отчёт опубликован на сайте Nature.
Исследователи обнаружили, что эти изменения влияют на активность Cas13d в зависимости от их местоположения и контекста. Несоответствия, которые приводят к образованию пары оснований G-U, оказываются более эффективными, чем другие несоответствия с одним основанием. Используя эти данные, они обучили сверхточную нейронную сеть, названную TIGER (целевое ингибирование экспрессии генов с помощью дизайна гРНК), чтобы прогнозировать эффективность гРНК на основе их последовательности и контекста.
TIGER показал более высокую точность прогнозирования целевой и нецелевой активности, чем существующие модели. Это может привести к новым открытиям и применениям в медицине, сельском хозяйстве, биотехнологии и других областях.
Обсудим?
Смотрите также:
